Daily Archives: 2026年2月20日

GEO HTS Submission

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The steps are basically: (1) prepare the GEO HTS metadata spreadsheet, (2) upload files to GEO FTP, (3) submit the metadata file via the GEO web form, and (4) respond to any curator questions (esp. raw FASTQ).

1) Make a single dataset folder name for GEO (recommended)

GEO wants one folder per submission/dataset. Create one top-level folder name that will be uploaded as-is:

cd ~/Downloads
mv GEO_submissions GeoMx_DSP_M666_UKE_Hamburg

Inside it should remain:

  • dcc/
  • pkc/
  • annotation/
  • README.txt
  • counts_matrix.tsv

2) Prepare the GEO HTS metadata spreadsheet (REQUIRED)

On the GEO “Submit HTS” page:

  • Download the HTS metadata spreadsheet template.
  • Fill at least these tabs:

STUDY tab

  • Title, summary, overall design.

  • Add the “raw FASTQ missing” sentence if you still don’t have FASTQs:

    Raw sequencing FASTQ files are currently not available to the authors; processed DCC outputs and PKC probe metadata are provided. FASTQs will be deposited to SRA and linked once obtained.

SAMPLES tab (most important)

One row per ROI/AOI (so ~45 rows for your DCCs).

  • Use Sample_ID (from your Sheet8/clean TSV) as the sample/library name.
  • For each row, set processed data file to the matching DCC filename (e.g., DSP-...-A02.dcc).
  • Include key sample characteristics (Group/Location/PCR/Case/etc.) from your annotation.

PROTOCOLS tab

  • Sample prep + GeoMx DSP workflow description.
  • Mention panels: Hs_R_NGS_WTA_v1.0, GeoMx_Hs_CTA_v1.0, GeoMx_COVID19_v1.0.
  • State: DCC exported from NanoString GeoMx NGS pipeline; PKC required to interpret RTS_IDs.

FILES / supplementary (if the template has it)

List:

  • all DCCs
  • all PKCs
  • the annotation file(s) (at least the clean TSV or the Excel)
  • README.txt
  • counts_matrix.tsv (optional, but you have it already)

Tip: In the metadata, reference counts_matrix.tsv as “gene-level raw counts matrix (targets x ROIs)” and keep DCCs as the authoritative per-ROI outputs.

3) FTP upload to GEO (data files only)

  1. Connect to GEO’s FTP using the credentials/path GEO gives you (your personal upload directory).

  2. In that upload directory, create a dataset folder, e.g.:

    • GeoMx_DSP_M666_UKE_Hamburg/

  3. Upload only the data files by FTP:

    • the whole folder with subfolders: dcc/, pkc/, annotation/, plus README.txt, counts_matrix.tsv
  4. Do NOT upload the metadata spreadsheet by FTP (GEO explicitly says upload metadata via the web form).

4) Submit the metadata spreadsheet on the GEO web page

After the FTP transfer finishes:

  • Go to Submit a new high-throughput sequencing submission
  • Upload the metadata spreadsheet file for this dataset
  • Submit → this places it in the GEO processing queue.

5) If GEO asks for raw FASTQs

This is the most common friction point for GeoMx when FASTQs aren’t available.

  • If they allow: they’ll accept processed now and ask you to link SRA later.
  • If they require: you’ll need to obtain FASTQs from the provider or email GEO and explain you only received DCC/PKC and are requesting FASTQs.

TODO: upload/paste the GEO HTS metadata spreadsheet template (blank) or a screenshot of the SAMPLES tab columns — to have a look which columns to fill with which fields from your annotation/M666_Sheet8_annotation_clean.tsv.

Comprehensive summary: GEO vs NCBI Submission Portal (SRA/BioProject/BioSample) for bulk RNA-seq + GeoMx DSP

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https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/subs/

1) What each platform is best for

  • NCBI Submission Portal Used primarily to submit raw sequencing reads to the Sequence Read Archive (SRA) and to create/link the organizing records:

    • BioProject (the overall study / project container)
    • BioSample (the per-sample metadata records required for SRA)

  • NCBI GEO (Gene Expression Omnibus) Best for gene expression–style datasets and processed outputs, including:

    • count matrices / processed tables
    • sample/ROI metadata tables
    • GeoMx DSP outputs (DCC/PKC)
    • supplementary analysis outputs and documentation (README, workflow description) GEO is commonly used for “processed + metadata”, while raw FASTQs (if available) go to SRA.

2) Where to submit your two dataset types

  • Bulk RNA-seq (Illumina) with raw FASTQ files

    • Submit to SRA via the NCBI Submission Portal.
    • Ensure you have/define: BioProject + BioSamples, then upload FASTQs and metadata.

  • GeoMx DSP spatial transcriptomics with only DCC/PKC + annotation Excel (+ R workflow), no FASTQs

    • Submit to GEO (not SRA), because DCC/PKC are processed outputs, not raw reads.

    • In GEO, upload:

      • DCC files (processed counts + QC/metrics per ROI/AOI)
      • PKC files (panel/probe definitions)
      • annotation table (Excel is okay; CSV/TSV is even better for machine readability)
      • README describing file structure + column meanings + mapping between ROI IDs and metadata
      • analysis workflow (e.g., R scripts; optionally hosted on GitHub/Zenodo and linked)

  • If GeoMx FASTQs are obtained later

    • Submit GeoMx FASTQs to SRA, and in the GEO record state: raw reads in SRA, processed data in GEO, cross-linking accessions.

3) What to choose in the NCBI “Start a new submission” list

For your use case:

  • Choose Sequence Read Archive (SRA) ✅ for FASTQ (raw reads).
  • You will also use/associate BioProject and BioSample (often created during the SRA workflow).
  • Do not use GenBank/TSA/Genome for these transcriptomics read submissions (those are for assembled sequences/genomes, not raw RNA-seq reads).
  • GEO is not started from that list; it has its own submission entry point.

4) Accounts / login clarification

  • Same login principle: In general, you use the same My NCBI account across NCBI services.

  • Why GEO can feel like “another account”:

    • GEO requires a GEO Submitter Profile (contact identity/profile) attached to a My NCBI account.
    • In many labs, a PI or colleague already has a GEO profile under their account—so the lab might say “GEO is on another account.”

  • Your options:

    • Create/use your own My NCBI + GEO Submitter Profile and submit under your name.
    • Or submit using the lab/PI account that already has the GEO profile (for consistent lab identity in GEO).

5) Practical “Data availability” logic for a manuscript

A journal-friendly setup is:

  • Raw sequencing reads (bulk RNA-seq FASTQs; later GeoMx FASTQs if available) → SRA accession(s)
  • Processed expression outputs and metadata (GeoMx DCC/PKC + annotation + processed tables) → GEO accession(s)
  • Workflow/code → GitHub + DOI archive (e.g., Zenodo), linked from GEO and/or the paper.

6) ENA note (from the email context)

  • If a manuscript currently lists an ENA project accession that can’t be found (e.g., looks like a placeholder), you either:

    • confirm the correct existing ENA project accession, or
    • create a new submission/accession (ENA or NCBI—both are widely accepted, but your processed GeoMx outputs still fit best in GEO).

7) Key takeaway (one-liner)

  • FASTQ = SRA (via NCBI Submission Portal + BioProject/BioSample)
  • GeoMx DCC/PKC + annotation + processed outputs = GEO
  • One My NCBI login, but GEO needs a GEO Submitter Profile and uses a separate submission entry point.

德国《居留法》(AufenthG) §9 vs §18 中文译文与差异对比

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§ 9（定居许可 / Niederlassungserlaubnis）中文翻译

§9 定居许可（Niederlassungserlaubnis）

(1) 定居许可是一种无期限的居留许可。只有在本法明确允许的情形下，才可以附加附条件（附加条款）。§47不受影响。(sozialgesetzbuch-sgb.de)

(2) 向外国人应当签发定居许可，如果：(sozialgesetzbuch-sgb.de)

  1. 该外国人已持有居留许可（Aufenthaltserlaubnis）满五年；
  2. 其生活费用有保障；
  3. 已向法定养老保险缴纳至少 60 个月强制或自愿保险费，或能证明已为获得可比的养老待遇向保险/供养机构或保险公司支出；因育儿或居家护理造成的职业中断期应相应计入；
  4. 在综合考虑违反公共安全或秩序的严重程度/性质，或该外国人造成的危险，并考虑其既往居留时长以及其在德国境内的联系纽带后，不存在反对签发的公共安全或秩序方面的理由；
  5. 若其为雇员（受雇劳动者），其就业是被允许的；
  6. 其持有持续从事其职业活动所需的其他许可；
  7. 具备足够的德语能力；
  8. 具备对德国联邦境内的法律与社会制度及生活状况的基础知识；并且
  9. 对本人及与其共同生活的家庭成员拥有足够的居住空间。

（同一款后续规定）(sozialgesetzbuch-sgb.de)

  • 第7、8项条件：如果成功完成融合课程（Integrationskurs），视为已证明。
  • 若因身体、精神或心理疾病/残疾而无法满足第7、8项，可不再要求。
  • 另外，为避免特殊困难（Härte），也可以不再要求第7、8项。
  • 如果该外国人能够用德语以简单方式进行口头交流，并且其按照 §44 Abs.3 Nr.2没有参加融合课程的权利，或按照 §44a Abs.2 Nr.3不被强制参加融合课程，也可不再要求第7、8项。
  • 此外，如果该外国人因前述“疾病/残疾”等原因也无法满足第2、3项，则也可不再要求第2、3项。

(3) 对处于婚姻共同生活的配偶：只要第(2)款第1句第3、5、6项由一方配偶满足即可。若该外国人正在接受可获得认可的学校/职业教育结业证书或大学学位的教育，则可不要求第(2)款第1句第3项（养老缴费/可比养老证明）。第1句在 §26 Abs.4的情形中同样适用。(sozialgesetzbuch-sgb.de)

(3a) 对于持有 §18c（专业人才定居许可）的外国人的配偶，应当签发定居许可，如果：(sozialgesetzbuch-sgb.de)

  1. 与该外国人处于婚姻共同生活；
  2. 已持有居留许可满三年；
  3. 每周工作不少于 20 小时；并且
  4. 满足第(2)款第1句第2项、第4至第9项条件。 并且第(2)款第2至第6句相应适用；按第(3)款条件签发定居许可不受影响。

(4) 对签发定居许可所需的“持有居留许可”的期间，可计入：(sozialgesetzbuch-sgb.de)

  1. 曾经持有居留许可或定居许可的期间：如果该外国人在出境时持有定居许可，则可计入（但须扣除期间在德国境外、并导致定居许可失效的停留时间）；最多计入四年；
  2. 每次在德国境外停留且未导致居留许可失效的，可最多计入六个月；
  3. 以学习或职业教育为目的的合法居留时间，按一半计入。

§ 18（专业人才移民基本原则；一般规定）中文翻译

§18 专业人才移民基本原则；一般规定

(1) 接纳外国雇员，应以德国作为经济与科研所在地的需求为导向，并考虑劳动力市场状况。对外国专业人才和劳动力的特别机会，旨在保障专业/劳动力基础并加强社会保障体系。相关规定应以专业人才以及具有显著职业经验的劳动力在劳动力市场与社会中的可持续融入为目标，同时注意公共安全利益。(sozialgesetzbuch-sgb.de)

(2) 依据本节为从事就业活动签发居留许可的前提是：(sozialgesetzbuch-sgb.de)

  1. 存在明确的具体工作岗位/工作邀约；
  2. 联邦就业局（Bundesagentur für Arbeit）已按 §39同意；但若法律、国家间协议或《就业条例》（Beschäftigungsverordnung）规定可无需就业局同意即可就业，则不适用该同意要求；即便无需同意，如出现 §40 Abs.2 或 Abs.3中的某种情形，仍可拒绝签发居留许可；
  3. 如需要执业许可（Berufsausübungserlaubnis），则该许可已获签发或已获保证；
  4. 已确认资格等同性（Gleichwertigkeit），或存在被认可的外国高校学位、或与德国高校学位相当的外国高校学位——只要这属于签发居留许可的条件； 4a. 外国人与雇主共同声明该工作将被实际履行；并且
  5. 在首次签发 §18a 或 §18b 的情形中，如果外国人在满 45 岁之后申请，则工资至少达到法定养老保险年度缴费基数上限（Beitragsbemessungsgrenze）年值的 55%，除非能证明已有足够的养老保障。

同款后续：若存在对雇佣该外国人的公共利益（尤其地区性经济或劳动力市场政策利益），可在个案中对上述条件作例外处理，尤其是在工资门槛仅略低或年龄门槛仅略超时。内政部每年最晚于上一年 12 月 31 日在联邦公报公布当年的最低工资标准。(sozialgesetzbuch-sgb.de)

(3) 本法所称“专业人才（Fachkraft）”是指：(sozialgesetzbuch-sgb.de)

  1. 拥有德国境内的合格职业培训，或与之等同的外国职业资格（职业培训类专业人才）；或
  2. 拥有德国、被认可的外国，或与德国高校学位相当的外国高校学位（学术类专业人才）。

(4) 依据 §§18a、18b、18g、19c 签发的居留许可，期限为四年；如果劳动合同或就业局同意的期限更短，则按更短期限另加 3 个月，但总期限不得超过四年。(sozialgesetzbuch-sgb.de)

§9 和 §18 的核心区别（中文对比）

  1. 性质不同

    • §9：定义并规定“定居许可/永居（无期限居留许可）”是什么，以及一般获得条件。(sozialgesetzbuch-sgb.de)
    • §18：是“为了就业目的的居留许可体系”的总则/框架（专业人才移民原则、一般条件、专业人才定义、许可期限规则）。(sozialgesetzbuch-sgb.de)

  2. 期限不同

  3. 条件侧重点不同

    • §9：强调“稳定融入与长期居留能力”的条件：5年居留、生活保障、60个月养老、语言、融入知识、住房、公共安全等。(sozialgesetzbuch-sgb.de)
    • §18：强调“就业准入”的条件：具体工作邀约、就业局同意（或法定豁免）、必要执业许可、学历/资格认可、雇佣真实性声明，以及45岁后的工资/养老保障门槛等。(sozialgesetzbuch-sgb.de)

  4. 它们之间的关系

    • 很多人的路径是：先在 §18 体系下拿到就业类居留许可（如 §18a/§18b/§18g 等），满足条件后再申请 §9（或某些人走 §18c 直接专业人才定居许可）。这一点从 §9(3a) 直接提到与 §18c 的关联也能看出来。(sozialgesetzbuch-sgb.de)

§18a 具备职业培训的专业人才（Fachkräfte mit Berufsausbildung）— 中文翻译

对“具备职业培训的专业人才”，应签发一项居留许可（Aufenthaltserlaubnis），用于从事任何合格的就业（qualifizierte Beschäftigung）。 (互联网法律)

§18b 具备高等教育背景的专业人才（Fachkräfte mit akademischer Ausbildung）— 中文翻译

对“具备高等教育背景的专业人才”，应签发一项居留许可（Aufenthaltserlaubnis），用于从事任何合格的就业（qualifizierte Beschäftigung）。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

§18c 专业人才的定居许可（Niederlassungserlaubnis für Fachkräfte）— 中文翻译

(1) 对专业人才，无需联邦就业局（BA）同意，应签发定居许可（Niederlassungserlaubnis），如果满足：

  1. 已持有 §18a / §18b / §18d 或 §18g 的居留身份满 3 年；
  2. 有一个工作岗位，且该岗位依 §18a/§18b/§18d/§18g 的条件允许由其担任；
  3. 已缴纳至少 36 个月法定养老保险强制或自愿缴费（或可比养老保障支出证明）；
  4. 具备足够的德语能力；
  5. 同时满足 §9 Abs.2 Satz1 Nr.2 以及 Nr.4–6、8、9 的条件（并适用 §9 的若干例外规则）。 另外：若该专业人才在德国完成了职业培训或学业，上述第1项“3年”可缩短为 2年，第3项“36个月养老”可缩短为 24个月。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(2) 作为蓝卡持有人（§18g），若已按 §18g 就业满 27个月并缴纳养老，且满足 §9 的相应条件，并具备“基础/简单德语”，则应签发定居许可；若德语达到“足够”，期限可缩短为 21个月。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(3) 对“高度合格的、具备学术背景的专业人才”，在特殊情况下可（应当倾向于）在无需 BA 同意下签发定居许可：如果可以合理预期其能融入德国生活且无需国家救助即可维持生计，并满足 §9 Abs.2 Satz1 Nr.4（公共安全/秩序不构成反对理由）。各州还可规定此类签发需州最高主管机关（或其指定机构）同意。“高度合格”例示包括：具有特殊专业知识的科研人员；担任重要职务的教师/高级科研人员等。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

§18d 研究（Forschung）— 中文翻译

(1) 对外国人，无需 BA 同意，应依据欧盟指令 (EU) 2016/801 为“研究目的”签发居留许可，如果：

  1. 他： a) 与在德国境内为研究人员特殊准入程序而获得认可的研究机构，签署了有效的“接收协议”（Aufnahmevereinbarung）或相当合同，用于实施某项研究计划；或 b) 与从事研究的研究机构签署了有效接收协议或相当合同；并且
  2. 该研究机构书面承诺承担公共部门在接收协议结束后最长6个月内可能发生的费用，尤其包括： a) 该外国人在欧盟成员国非法停留期间的生活费用；以及 b) 对该外国人的遣返/驱逐费用。 并且：在(1)第1项a)情形下，居留许可应在提出申请后 60天内签发。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(2) 如果研究机构的活动主要由公共资金资助，则原则上应免除(1)第2项的费用承诺要求；若该研究项目具有特别公共利益，也可以免除。并规定相关承诺的适用条款。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(3) 研究机构也可以向负责其认可的主管机构作出“通用承诺”，适用于与其签署接收协议并获得研究居留许可的所有外国人。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(4) 该研究居留许可一般至少签发 1年；若参加带有流动措施的欧盟/多边项目，则至少 2年；若研究项目更短，则按项目期限签发，但在“至少2年”规则的情形下，期限仍至少 1年。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(5) 依本条签发的居留许可，允许在接收协议所列研究机构开展研究，并允许从事教学活动；研究项目在居留期间变更，不当然导致该许可失效。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(6) 对在欧盟某成员国已获国际保护的人，如其满足(1)条件且在该成员国获保护后已居留至少 2年，可签发研究目的居留许可；(5)相应适用。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

§18g 欧盟蓝卡（Blaue Karte EU）— 中文翻译

(1) 对具备学术背景的专业人才，无需 BA 同意，应为其签发欧盟蓝卡，用于从事与其资格相匹配的德国境内工作，前提是：其工资至少达到法定养老保险年度缴费基数上限的 50%，且不存在 §19f 规定的拒绝理由。 但对以下两类人：

  1. 从事特定职业分类（ISCO-08若干组别所列职业）；或
  2. 在申请蓝卡前不超过 3年取得高校学位者； 蓝卡改为需要 BA 同意签发，且工资门槛降低为年度缴费基数上限的 45.3%。 并且：若申请人已持有 §18b 居留许可且蓝卡工作所需执业许可与 §18b 相同，则视为满足 §18 Abs.2 Nr.3；若其在 §18b 申请时已提交与蓝卡相同的学位，则视为满足 §18 Abs.2 Nr.4。另对等同高校学位、至少三年学制的高等教育项目毕业者，也可按相应规则适用。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(2) 对不满足(1)的申请人，在某些职业组别（ISCO-08中的特定组别）下，可在需要 BA 同意的情况下签发蓝卡；并在一定条件下对学历要求作特殊处理（包括：工资至少45.3%；无§19f拒绝理由；并能证明近7年内获得的、至少3年的相关职业经验，且能力水平可与高校学位相当并对岗位必需）。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(3) 签发蓝卡要求：具体工作邀约所约定的雇佣期限至少 6个月。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(4) 蓝卡持有人更换雇主/岗位：一般不需要外国人局许可；但在就业的前 12个月，外国人局可将岗位变更暂停最多 30天并在此期间拒绝（若不再满足蓝卡签发条件）。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(5) 在某些情况下，签发蓝卡可视为生活费已保障：如果外国人持有 §18a 或 §18b 的居留许可且不更换工作岗位。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(6) 蓝卡延期的特殊工资门槛：若申请人在申请延期前不超过 3年取得学位，或自首次按较低门槛（(1)中45.3%那种情形）签发蓝卡以来未满 24个月，则延期时适用该较低门槛；其余仍适用一般延期规则。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

(7) 内政部每年在上一年 12月31日前于联邦公报公布下一年度(1)(2)所需的最低工资标准。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

五个条款的关键区别（中文对比）

  • §18a vs §18b（工作居留的入口）

    • 都是“居留许可 Aufenthaltserlaubnis”用于合格就业；
    • 差别主要在“你是职业培训型还是大学学历型专业人才”。 (互联网法律)

  • §18g（蓝卡）

    • 仍是“居留许可”类型，但属于欧盟蓝卡路径；核心是学术背景 + 工资门槛（50% 或特定情形45.3%）以及对岗位变更的规则。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

  • §18d（研究）

    • 也是“居留许可”，目的限定为研究；核心条件是接收协议/合同 + 研究机构费用承诺（以及相关豁免、期限规则）。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)

  • §18c（定居/永居）

    • 这是“定居许可 Niederlassungserlaubnis（无期限）”路径：一般要求你先持 §18a/18b/18d/18g 一段时间并满足养老、语言、§9相关条件；对蓝卡还有 27/21个月的加速路径。 (sozialgesetzbuch-sgb.de)