映射表 between new group names and old group names

Leave a reply

3. 最终映射表

热图列号 旧名称 (Old Name) 实验条件推断 新名称 (New Name) 理由 (Chinese Explanation)
1 nf780 MKL-1 wt cells parental_cells_1 野生型细胞总RNA，作为亲本细胞对照1。
2 nf796 MKL-1 wt cells parental_cells_2 野生型细胞总RNA，作为亲本细胞对照2。
3 nf797 MKL-1 wt cells parental_cells_3 野生型细胞总RNA，作为亲本细胞对照3。
4 2608_MKL1_sT_Dox sT + Dox EV sT_knockdown_1 sT敲低+诱导(Dox)，实验组1。
5 2701_MKL1_scr_DMSO Scr + DMSO EV scr_DMSO_control_1 Scramble对照+溶剂(DMSO)，双阴性对照1。
6 2701_MKL1_sT_DMSO sT + DMSO EV DMSO_control_1 sT载体+溶剂(DMSO)，未诱导的sT对照1。
7 2608_MKL1_sT_DMSO sT + DMSO EV DMSO_control_2 sT载体+溶剂(DMSO)，未诱导的sT对照2。
8 2701_MKL1_scr_Dox Scr + Dox EV scr_control_1 Scramble对照+诱导(Dox)，诱导对照组1。
9 2404_MKL1_wt_EVs WT EV untreated_1 野生型外泌体，未处理对照1。
10 2608_MKL1_wt_EVs WT EV untreated_2 野生型外泌体，未处理对照2。
11 2701_MKL1_sT_Dox sT + Dox EV sT_knockdown_2 sT敲低+诱导(Dox)，实验组2。
12 2608_MKL1_scr_DMSO Scr + DMSO EV scr_DMSO_control_2 Scramble对照+溶剂(DMSO)，双阴性对照2。
13 2608_MKL1_scr_Dox Scr + Dox EV scr_control_2 Scramble对照+诱导(Dox)，诱导对照组2。
14 2802_MKL1_scr_DMSO Scr + DMSO EV scr_DMSO_control_3 Scramble对照+溶剂(DMSO)，双阴性对照3。
15 2802_MKL1_sT_DMSO sT + DMSO EV DMSO_control_3 sT载体+溶剂(DMSO)，未诱导的sT对照3。
16 2802_MKL1_scr_Dox Scr + Dox EV scr_control_3 Scramble对照+诱导(Dox)，诱导对照组3。
17 2802_MKL1_sT_Dox sT + Dox EV sT_knockdown_3 sT敲低+诱导(Dox)，实验组3。

(注：untreated_1/2 和 parental_cells_1/2/3 的具体编号顺序（1,2,3）可以根据原始样本ID的数字大小或实验记录微调，但类别对应是确定的。上述编号是按它们在列表中出现的顺序分配的。)

4. 为什么这样映射？(Explanation in Chinese)

  1. 区分细胞与外泌体 (Cells vs EVs):

    • 旧名称中的 nf780/796/797 标记为 “MKL-1 wt cells”，这是细胞裂解液的 RNA-seq 数据，而非外泌体。在新名称中，parental_cells 是最合适的对应项，代表亲本细胞系的基线表达。
    • 旧名称中的 2404/2608 ... wt_EVs 标记为 “MKL-1 wt EV”，这是野生型的外泌体。在新名称中，untreated 通常指未经过任何转染或药物处理的天然状态，因此对应 WT EVs。

  2. 区分处理条件 (Treatment Conditions):

    • sT_knockdown: 对应旧名称中的 sT_Dox。因为 Dox (Doxycycline) 是诱导剂，用于启动 shRNA/siRNA 的表达从而实现敲低。这是主要的实验组。
    • scr_control: 对应旧名称中的 scr_Dox。Scramble (乱序序列) 是阴性对照，同样加 Dox 诱导，用于排除诱导剂本身和非特异性序列的影响。这是 sT_knockdown 的直接对照。
    • DMSO_control: 对应旧名称中的 sT_DMSO。这里 sT 载体存在，但加入的是 DMSO (溶剂) 而不是 Dox，因此基因敲低未被诱导（或仅有极低背景泄漏）。这用于评估在没有诱导的情况下，sT 载体本身对细胞/外泌体的影响。
    • scr_DMSO_control: 对应旧名称中的 scr_DMSO。既没有功能性敲低序列 (Scr)，也没有诱导剂 (DMSO)。这是最基础的“双阴性”对照，代表转染了空载体或乱序载体且未诱导的状态。

  3. 重复样本 (Replicates):

    • 每个条件都有3个生物学重复（来自不同的批次或制备，如 2608, 2701, 2802），因此新名称中的 _1, _2, _3 分别对应这三个不同的来源。

R 代码实现映射

# 定义旧名称顺序 (对应热图列 1-17)
old_names <- c("nf780", "nf796", "nf797", 
               "2608_MKL1_sT_Dox", "2701_MKL1_scr_DMSO", "2701_MKL1_sT_DMSO", 
               "2608_MKL1_sT_DMSO", "2701_MKL1_scr_Dox", 
               "2404_MKL1_wt_EVs", "2608_MKL1_wt_EVs", 
               "2701_MKL1_sT_Dox", "2608_MKL1_scr_DMSO", "2608_MKL1_scr_Dox", 
               "2802_MKL1_scr_DMSO", "2802_MKL1_sT_DMSO", "2802_MKL1_scr_Dox", 
               "2802_MKL1_sT_Dox")

# 定义新名称顺序 (根据上述逻辑映射)
new_names <- c("parental_cells_1", "parental_cells_2", "parental_cells_3",
               "sT_knockdown_1", "scr_DMSO_control_1", "DMSO_control_1",
               "DMSO_control_2", "scr_control_1",
               "untreated_1", "untreated_2",
               "sT_knockdown_2", "scr_DMSO_control_2", "scr_control_2",
               "scr_DMSO_control_3", "DMSO_control_3", "scr_control_3",
               "sT_knockdown_3")

# 创建映射数据框
mapping_df <- data.frame(
  Old_Name = old_names,
  New_Name = new_names
)

print(mapping_df)

Yes, your calculated sums are correct.

Here is the step-by-step verification adding the two rows you provided:

Index Row 1 (gencode_sense) Row 2 (gencode_antisense) Your Sum Calculated Sum (gencode) Match?
1 88.5 0.1 88.6 88.6 ✅
2 71.9 0.2 72.1 72.1 ✅
3 67.5 0.4 67.9 67.9 ✅
4 6.6 0.2 6.8 6.8 ✅
5 5.9 0.2 6.1 6.1 ✅
6 6.0 0.3 6.3 6.3 ✅
7 6.6 0.3 6.9 6.9 ✅
8 6.5 0.3 6.8 6.8 ✅
9 7.7 0.4 8.1 8.1 ✅
10 6.4 0.3 6.7 6.7 ✅
11 7.4 0.2 7.6 7.6 ✅
12 6.6 0.3 6.9 6.9 ✅
13 6.5 0.2 6.7 6.7 ✅
14 10.7 0.2 10.9 10.9 ✅
15 10.0 0.2 10.2 10.2 ✅
16 9.0 0.2 9.2 9.2 ✅
17 8.3 0.2 8.5 8.5 ✅

Your calculation is perfectly accurate.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *