下面是一份“按研究方向推荐常用数据库”的速查清单。按你做什么研究 → 该先去哪几个库来分组，每个库后面给一句“用来干嘛”。In summary, 做基因组先看 ENA/Ensembl/UCSC；做蛋白功能先上 UniProt/InterPro；做通路用 Reactome；做药物与小分子用 ChEMBL/ChEBI；做人类变异用 gnomAD/GWAS Catalog/ClinGen；做微生物命名和 16S 用 LPSN/SILVA；做模型生物就去 FlyBase/WormBase/ZFIN/MGD。
基因组学与序列数据
- European Nucleotide Archive（ENA）：原始测序数据、组装、注释的综合归档入口（欧洲体系）。
- DNA Data Bank of Japan（DDBJ）：日本序列数据归档（INSDC 成员之一）。
- Ensembl：脊椎动物基因组浏览、比较基因组、变异、调控注释。
- UCSC Genome Browser：人类及多物种基因组可视化浏览与注释轨道。
- GENCODE：人/鼠高质量基因注释集合（常做标准参考）。
微生物/细菌方向（菌株信息、命名、16S 等）
- BacDive：菌株层面的标准化信息（培养条件、表型、来源等）。
- LPSN: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature：原核命名权威信息（名称是否有效、分类更新）。
- SILVA：16S/18S、23S/28S rRNA 序列与比对数据集（做分类/扩增子常用）。
蛋白质功能注释、家族结构域、互作网络
- UniProt：蛋白序列与功能注释的“总入口”（最常用）。
- InterPro：蛋白家族/结构域/功能位点整合分析（做注释和功能预测）。
- CATH：蛋白结构域进化关系/结构分类。
- STRING：蛋白互作网络（预测+整合证据），做功能关联很方便。
- IMEx: International Molecular Exchange Consortium：高质量、人工整理的分子互作数据整合。
- Protein Data Bank（PDB）：蛋白/核酸 3D 结构的全球档案库（结构生物学必备）。
通路、代谢与反应数据库
- Reactome：经典通路知识库（富集分析、机制解释常用）。
- Rhea：生化反应与转运反应标准化知识库（注释/代谢研究）。
- BRENDA：酶功能数据大全（底物、动力学、反应等）。
- EcoCyc：大肠杆菌 K-12 的基因组与代谢通路精细注释库。
化学、小分子、药物靶点（药物研发/化学生物学）
- ChEBI：小分子化学实体词典/本体（标准名、结构、分类）。
- ChEMBL：药物样分子、活性、靶点关联（做药物发现/重定位很常用）。
- IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY：权威药理学知识库（配体-靶点关系、药物信息）。
- LIPID MAPS：脂质组学资源与命名/分类体系。
转录组、表达谱、蛋白表达图谱
- Bgee：跨物种表达模式对比（“这个基因在哪里表达？”）。
- GXD：小鼠基因表达数据库（发育/组织表达等）。
- Human Protein Atlas：人类组织/细胞层面的蛋白表达与定位图谱。
- Europe PMC：生命科学文献入口（全文/摘要、资助信息等，做调研很高效）。
人类遗传变异、GWAS、疾病本体与临床解释
- gnomAD：人群变异频率汇总（过滤“常见变异”必备）。
- GWAS Catalog：GWAS SNP-性状关联的标准化数据库。
- Clinical Genome Resource（ClinGen）：基因/变异的临床相关性评估资源（精准医学）。
- CIViC: Clinical Interpretation of Variants in Cancer：肿瘤变异临床意义的社区整理平台。
- Human Disease Ontology Knowledgebase：疾病本体（统一术语、做整合分析很有用）。
- ClinPGX：药物基因组学知识整理（基因变异影响用药反应）。
模型生物与专属物种数据库
- FlyBase：果蝇遗传与分子数据。
- WormBase：秀丽线虫及相关线虫的基因组与生物学数据。
- ZFIN: The Zebrafish Information Network：斑马鱼模型数据。
- MGD: Mouse Genome Database：小鼠基因组与表型/疾病关联数据。
- PomBase：裂殖酵母资源库。
- Saccharomyces Genome Database：出芽酵母数据库。
- Rat Genome Database：大鼠基因组与表型/疾病数据。
- Alliance of Genome Resources：多模型生物资源的整合入口（跨物种对照很方便）。
生物多样性、物种名录与分类学
- Catalogue of Life：全球已知物种的统一名录与分类信息。
- Global Biodiversity Information Facility（GBIF）：全球生物多样性观测/标本记录等开放数据平台。
病原体与媒介（寄生虫/媒介昆虫等）
- VEuPathDB：真核病原体及无脊椎媒介相关的大规模组学数据库集合。