“克隆性”是指细菌在基因型上几乎无差异，属于高度同源的一组，但这并不意味着它们在耐药性等表型上一定一模一样。克隆株的表型可以有差异，原因包括调控机制、基因表达水平、外排泵活性、膜蛋白变化、插入序列等导致的基因功能或表达的不同。

具体例子：

在临床实践中，研究发现铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）的同一克隆菌株，虽然基因组完全一致，但对美罗培南（Meropenem）的最小抑菌浓度（MIC）可能不同。进一步检测发现：某些菌株因oprD基因突变、插入等，导致外膜通道蛋白表达下调，从而表现为高MIC（耐药），而同簇内oprD完整的菌株则敏感。¹

这说明：即使是同一克隆簇的菌株，耐药表型可以因调控突变或基因表达等后天因素存在差异。

科学文章（中文发布版）

克隆性≠表型一致：基因同源不等于耐药全同 —— Holger邮件讨论解读

在近期的菌群全基因组分析中，我们通过cgMLST/WGS技术识别出了若干克隆相关的菌株簇。以Acinetobacter baumannii和Klebsiella pneumoniae为例，每个克隆簇内的菌株，其耐药基因和毒力因子分布高度一致，且AST（药敏）表型大多数时间点表现相近。

但邮件交流中，Gradientech团队指出：“仅凭MLST等判断克隆性，不能保证所有基因组无差异。即使核心基因型相同，也可能存有表型差异，例如耐药性或毒力不同。” 这很有道理。

举例说明：临床细菌如铜绿假单胞菌，同簇内部分菌株，因为外排泵或通道蛋白基因（如oprD）表达下降、插入序列影响或失活突变，导致美罗培南敏感性变弱（MIC升高），表型变为耐药。而同克隆簇的另一株也许表达正常，表现为敏感。这种“基因型同源但表型不完全一致”的现象，正是精准医学面临的挑战之一。¹

针对克隆株是否要在分析中剔除，Holger建议保持信息透明，在方法和讨论部分如实披露、科学解释，不做删减。讨论段推荐补充一句：“克隆性并不必然对应表型耐药表达的一致，实际还受调控机制等多种因素影响，因此本研究保留所有分离株评估表型检测方法的性能。如果后续审核需要，可以按簇去重再行敏感性分析。”

总结

• 克隆唯一区分于基因型层面，表型如耐药往往还会受基因调控、表达水平、特殊突变等多种影响，同一克隆内“表型一致”不是绝对规律。
• 这一认识对临床耐药菌株流行病学追踪和新型方法学评估极其关键，有助于提升科学结论的严谨性。^{1 2345678910}